代理記賬存在的問題有：

　　1、對于《會計法》代理記賬的宣傳力度不夠，造成許多小型經濟組織、代理記賬特別是廣大的個體工商戶，對“代理記賬”知之甚少，認識不足，理解不夠。
　　2、對于“代理記賬[6]”的措施不是很得力。當前對于應當委托代理記賬的小型經濟組織和應當建賬的個體工商戶而言，主要存在兩方面的問題，一是應當建賬而不建賬的現象十分普遍，二是許多“受托代理記賬人”不具備合法資格。這不僅干擾了法律的嚴肅性，而且容易派生出許多其他問題。
　　3、在代理記賬法律關系中，受托人的法律地位問題，應該說一直沒有得到徹底的解決，實踐中爭議很大。
　　4、代理記賬機構潛力未充分發揮。代理記賬機構的數量在不斷增加，但整體規模普遍較小，代理業務范圍不寬。真正能提供受托單位會計核算、稅收籌劃、納稅申報、內部審計、工商稅務注冊年檢、財稅咨詢等全方位會計服務的機構很少。
　　5、代理記賬機構設立不規范。代理記賬機構必須有3名以上持有會計從業資格證書的專職從業人員，且主管代理記賬業務的負責人必須具有會計師以上專業技術職稱資格。但實際執行中，相當部分的代理記賬機構不符合此規定。
　　6、代理記賬機構內部管理混亂。實際執行中很多代理記賬業務操作不規范、內部管理制度不健全現象十分普遍，部分代理記賬機構的內部管理制度即使制定也是形同虛設。
　　7、代理記賬機構執業質量不樂觀。會計核算方面尚存在許多不規范之處，一些會計核算未能以權責發生制為基礎，對所代理公司未按《公司法》計提法定公積金、法定公益金的現象也較普遍，代理編制的年度財務會計報告都只有基本會計報表，均未按制度規定的要求提供會計報表附注的內容等。
　　8、是代理記賬業務收費標準混亂。在收費標準上，各家代理記賬機構懸殊較大，有些代理記賬機構甚至通過低價進行惡意競爭，還有部分代理記賬機構自身的經營收入核算不規范，隱匿收入現象也較普遍。