內部控制審計，是指會計師事務所接受委托，對特定基準日內部控制設計與運行的有效性進行審計并發表審計意見。這里面包含了五層意思：

第一，實施內部控制審計的主體是會計師事務所和注冊會計師。

這與美國所要求的由專門機構認證的獨立審計師執業有一定差異，主要的原因有：

一是內部控制以及內部控制審計在我國還處在起步階段，還沒有成立專門的內部控制審計機構，也就無法由專門的機構進行認證，主要還是由注冊會計師在對企業的財務報告進行審計的同時整體地對報告中相應的內容進行評價。

二是注冊會計師長期進行審計業務，熟練地掌握財務理論與實務，還有進行定期的后續教育，使得注冊會計師成為既具有專業知識，又熟知審計程序的一個團體。內部控制審計過程中很多部分需要審計師運用職業判斷。無疑，注冊會計師在我國是最佳的人選。

三是由于在一般情況下，內部控制審計與財務報告審計是同時進行的，我國企業的內部控制報告也都包含在企業財務報告之中，因此由注冊會計師一同進行審核，減少兩者的成本，提高兩者的質量。整合財務報告審計與內部控制的有效性審計的整體審計也是國際上的一個大趨勢。

第二，內部控制審計的對象是“控制文件與控制信息資料”

“控制文件與控制信息資料”是經濟組織設計和執行內部控制過程中所形成所有資料，其中“控制文件”是針對內部控制設計來說的，是設計內部控制形成的文件，包括預算制度、審批制度、內部報告制度等各種管理制度和業務程序手冊與崗位說明書等等，“控制信息資料”則是針對內部控制執行來說的，是執行內部控制過程中形成的記錄控制信息的資料，不僅包括賬簿憑證報表、訂貨單、銷貨單等會計資料和與會計有關的資料，還包括各類內部分析報告、重大決策過程記錄等記錄控制信息的資料。“控制文件與控制信息資料”實際是內部控制系統運行過程中形成的各種文件和信息資料。

第三，內部控制審計的目標是為了保證企業的內部控制的有效性。

內部控制的重要性不言而喻，但是如何能夠保證企業的內部控制符合規范，怎樣證明公司出具的內部控制報告的真實性，即如何做好內部控制工作呢?

內部控制審計的概念隨著越來越多的企業內部舞弊而漸漸浮出水面。內部控制審計的直接目的就是為了保證企業的內部控制有效性，對企業出具的內部控制報告以及內部控制的有效性進行鑒證。從而保證企業出具的財務報告的可靠性。

第四，注冊會計師是對特定基準日的內部控制進行審計。

財務報告的可靠性并不能過分依賴于內部控制的外部審計來完成，更多的責任仍在于企業管理層建立健全內部控制并努力實現其有效執行，而且對整個年度的內部控制作出評價，其成本是極其昂貴的，也是無法實現的。同時，考慮到企業內部控制制度具有一定的持續性，并不是經常變化，從會計期末的內部控制也可以大概了解企業整個期間的內部控制情況。綜合以上分析，對某個時點的內部控制發表意見是不錯的選擇。

第五，建立健全和有效實施內部控制

評價內部控制的有效性是企業管理層的責任，具體來講是董事會的責任。而注冊會計師的責任是在實施審計工作的基礎上對內部控制的有效性發表審計意見。