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預(yù)繳稅款和進(jìn)項稅額都屬于購買方墊付的資金，在申報納稅時，都可以減少機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)的納稅額，但是他們在性質(zhì)上有所不同，稅務(wù)處理也不一樣。
1、一般計稅方法下，建安企業(yè)的應(yīng)納稅額=銷項稅額-進(jìn)項稅額，應(yīng)補稅額=應(yīng)納稅額-預(yù)繳稅款，預(yù)繳稅款=（取得的預(yù)收款-支付的分包款）÷（1+9%）×2%。
2、應(yīng)納稅額代表建安企業(yè)欠稅務(wù)機關(guān)的稅金；應(yīng)補稅額代表建安企業(yè)欠機構(gòu)地稅務(wù)機關(guān)的稅金；預(yù)繳稅款代表異地施工給項目所在地分的一杯羹。
應(yīng)納稅額與預(yù)繳稅款沒有任何關(guān)系，兩者是相互獨立的，共同影響應(yīng)補稅額。
3、從增值稅申報表可以看出，預(yù)繳稅款可以抵減應(yīng)納稅額的前提是應(yīng)納稅額必須大于零。如果建安企業(yè)存在期末留抵，已預(yù)繳的稅款是無法得到抵減的，只能等待應(yīng)納稅額為正的時候，再按照已預(yù)繳稅款和應(yīng)納稅額孰小的原則，進(jìn)行抵減。
4、問題來了，一方面是建安企業(yè)存在較多的留抵稅額，另一方面，由于異地施工的總分包差為正，還得在項目地預(yù)繳稅款。在建安企業(yè)存在系統(tǒng)性留抵的情況下，預(yù)繳稅款永遠(yuǎn)無法抵減，更不用說退稅。
5、為了防止出現(xiàn)這種現(xiàn)象，財稅〔2016〕36號文附件2第二條第（十一）款規(guī)定：一般納稅人跨省（自治區(qū)、直轄市或者計劃單列市）提供建筑服務(wù)或者銷售、出租取得的與機構(gòu)所在地不在同一省（自治區(qū)、直轄市或者計劃單列市）的不動產(chǎn)，在機構(gòu)所在地申報納稅時，計算的應(yīng)納稅額小于已預(yù)繳稅額，且差額較大的，由國家稅務(wù)總局通知建筑服務(wù)發(fā)生地或者不動產(chǎn)所在地省級稅務(wù)機關(guān)，在一定時期內(nèi)暫停預(yù)繳增值稅。
6、全面推行留抵稅額退稅之后，符合條件的建安企業(yè)應(yīng)當(dāng)采取“先抵減預(yù)繳稅款，再申報進(jìn)項稅額”的操作策略，以時間換效益，以預(yù)繳稅款換留抵稅額，留抵稅額申請退稅。
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