我們知道，如果是一般納稅人在抵扣進項稅的時候多數情況下，是依據增值稅的專用發票，按照發票上的稅額來抵扣。

比如一般納稅人企業采購貨物時，通常情況下可以抵扣的稅率為13%，而很多農產品適用的稅率為9%，這是因為這些農產品基本上都屬于低稅率的產品。

在增值稅暫行條例中，對這些貨物所適用的稅率為低稅率：

1.糧食等農產品、食用植物油、食用鹽；

2.自來水、暖氣、冷氣、熱水、煤氣、石油液化氣、天然氣、二甲醚、沼氣、居民用煤炭制品；

3.圖書、報紙、雜志、音像制品、電子出版物；

4.飼料、化肥、農藥、農機、農膜；5.國務院規定的其他貨物。

因此，一般納稅人的企業在采購農產品時，可以抵扣進項稅的稅率就是9%。

具體是哪些票據呢？

1、一般納稅人開具的專用發票

取得一般納稅人開具的增值稅專用發票，所抵扣的就是發票上注明的增值稅額為進項稅額。

這種情況下，企業所采購的上游單位一定是增值稅一般納稅人，同時，對方如果屬于可以享受農產品銷售的免征增值稅的優惠，必須要放棄免稅才可開具稅率為9%的專用發票。

2、海關進口專用繳款書

企業從國外進口農產品，所取得的海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額。所抵扣的進項稅額就是進口環節的增值稅額。

3、小規模納稅人開具的專用發票

企業如果從小規模納稅人那里采購農產品，所取得的發票就是按照簡易計稅方法依照3%征收率的增值稅專用發票，此時以增值稅專用發票上注明的金額（不含稅）和9%的扣除率計算進項稅額。

由于目前小規模納稅人適用3%征收率的項目是可以享受免征增值稅的優惠，因此企業想要抵扣進項稅，需要該小規模納稅人放棄免稅，開具3%征收率的專用發票，當然這種情況下，小規模納稅人是需要按照3%征收率來繳納增值稅，由于增值稅是間接稅的特點，這個稅款實際上也是由購買方來承擔的。

當然了，按照3%交稅，按照9%來抵扣，對于采購方來說一定是劃算的。

需要提示的是，小規模納稅人開具的普通發票是不可以計算抵扣進項稅的。

4、農產品銷售發票

這種農產品銷售發票就是普通發票，常見的是增值稅電子普通發票，上面會寫著的免稅字樣，這是由于農業生產者所銷售的自產自銷的農產品屬于增值稅的免稅范圍。

企業取得這類發票可以抵扣的進項稅額為發票金額的9%，屬于計算抵扣的方式。

5、農產品收購發票

這類發票是極為特殊的，它是由購買方在向農業生產者采購農產品時自行開具，也稱為自開票，目前均以普通發票的形式存在，上面會寫收購字樣，常見的就是帶有收購字樣的農產品增值稅電子普通發票。#農產品

企業取得這類發票可以抵扣的進項稅額為收購發票上注明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額，同樣屬于計算抵扣的方式。

6、加計抵扣

企業購進用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，可以在生產領用環節加計扣除1%。

也就是對農產品進行深加工了，在以上的幾種抵扣進項稅之后，再多抵扣進項稅的方式，這種計算抵扣則不需要發票，是直接計算抵扣，該進項稅額需要從產品的成本中扣除。

為了更好地理解哪些屬于農產品的深加工，我們要知道農產品的初加工，在財稅【2008】149號中有詳細的列示，比如這些加工過程：清洗、分割、脫水、干燥、發酵、分級、包裝等，對農產品的性狀沒有進行改變。如果是深加工，比如，將肉做成了罐頭、將鴨蛋腌制了、將鮮奶做成了酸奶等。

最后需要提示的是：如果農產品為核定扣除，則不再憑扣稅憑證直接抵扣增值稅進項稅額。