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股東變更所產生的股份轉讓收益是個人所得稅的應稅所得范疇。本次股份轉讓所發生的個人所得稅所屬期為當年年末，需要在下一年3月31日前申報并繳納稅費。個人所得稅稅率按照新舊股份持有比例區分不同等級進行計算，稅率也有所改變。
具體計算方式如下：首先將股東變更前的持股情況和變更后的股份持有情況進行比較，得出新股份持有比例與舊股份持有比例的差值。然后將股份差值乘以相應的差價，得出股份轉讓收益。最后按照新的股份持有比例和舊股份持有比例計算稅率，得出應繳納個人所得稅額度。
需要注意的是，根據個稅法規定，個人所得稅的計算時，可以將相應的費用、成本等進行扣除。如果轉讓的股份是自然人股東一年內持有的，則可以減除取得該收益的直接費用和間接費用。
此外，個人所得稅也可以采取年度匯總計算的方法，即一年內所有的個人所得稅按年度匯總計算，個稅稅率也按照新舊股份持有比例所得稅等級進行計算。按年度匯總計算個稅的資格條件是：個人轉讓股份的年收入不超過30萬元，并且該股份不為居民個人投資企業發行的股票。
總體而言，個人所得稅的計算方法和稅率根據持有股份的變化而有所變動，需要及時了解稅法相關規定并嚴格遵守申報繳納個人所得稅的時間、金額等規定，以免因個稅問題而涉及到法律糾紛。
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