基建賬并入大賬的操作和處理中主要涉及兩部分的內容，分別是會計科目的并入和財務報表。按照資金占用和資金來源分類將基建會計科目科學合理地并入事業單位的會計科目中是并賬過程中的難點和重點。
　　(一)并入財務報表
　　月度報表并入是財務報表并入的主要內容。全口徑預決算在現行的預算、決算中實行，且基建投資數據已經體現在年度預決算的報表中。在完成全部基建賬套數據并入事業賬套后，依據財務報表編制的說明及并入明細的資料對報表進行編制，編制完成后，財務報表能將基建投資全貌清晰的體現出來。
　　(二)并入會計科目
　　1、新增會計科目
　　資產類。增設一級科目“在建工程”，明確“基建工程”下的科目核算明細及由基建賬套并入的在建工程成本;在新制度下，在“在建工程―基建工程”中借記“建筑安裝工程投資”、“待攤投資”及“預付工程款”等科目的余額。
　　凈資產類。增設了非流動資產基金―在建工程，作為二級科目;根據基建賬中“交付使用資產”賬戶余額貸記“非流動資產基金―固定資產”。
　　負債類。增設“長期借款”為一級科目，對基建項目借款的明細核算做出了具體的規定。同時對長期借款貸方的“借入款項”科目余額在原賬的剔除期限進行了規定，要求1年內進行多次借款后，將剩余余額分明細結轉入新賬中。此外，在“長期借款”貸方中并入基建賬中“基建投資借款”科目。
　　2、會計科目并入的操作
　　(1)事業單位會計核算體系中直接并入的科目
　　主要包括基建賬套中的“庫存現金”、“零余額賬戶用款額度”、“固定資產”、“應收票據與應付票據”等科目。并入要求、內涵與傳統事業單位會計制度下相應科目并入基本保持一致，可將這些科目直接并入事業單位賬套中，然后完成明細核算。
　　(2)調整合并部分會計科目
　　由于基建賬套中存在核算內容相近的科目，因此可將這些科目進行調整，并使其合并在一起，方便核算的進行。例如基建工程實際成本核算的科目與事業賬套“在建工程―基建工程”科目相似、基建用材料設備等實際成本的核算科目與事業賬套“存貨”科目基本一致。此外，應付器材款、工程款等科目基本一致，可作為合并的項目。
　　(3)需要分析后合并的會計科目
　　這類會計項目主要包括基建賬套中的“交付使用資產”、“固定資產”及“無形資產”等科目。還包括“基建撥款”科目中的各類基本建設撥款(除自籌資金)、地方主管部門的撥款并入“上級補助收入”的部分、“其他收入(無償捐贈款項)”等。