當(dāng)前行政事業(yè)單位內(nèi)部控制存在的主要問(wèn)題有以下幾個(gè)方面：

1.費(fèi)用支出缺乏有效控制

行政事業(yè)單位對(duì)于行政經(jīng)費(fèi)的支出，特別是招待費(fèi)、辦公費(fèi)、會(huì)議費(fèi)、水電費(fèi)等，普遍缺乏嚴(yán)格的控制標(biāo)準(zhǔn)；即使制定了內(nèi)部經(jīng)費(fèi)開支標(biāo)準(zhǔn)，但仍較多采用實(shí)報(bào)實(shí)銷制。

2.固定資產(chǎn)控制薄弱

實(shí)行政府集中采購(gòu)制度以后，行政事業(yè)單位固定資產(chǎn)的購(gòu)置得到了有效控制，但使用管理仍缺乏相關(guān)的內(nèi)部控制，重購(gòu)輕管現(xiàn)象比較普遍。如未按規(guī)定建立起定期財(cái)產(chǎn)盤點(diǎn)制度，購(gòu)置的固定資產(chǎn)未能及時(shí)登記入賬，未登記固定資產(chǎn)明細(xì)賬和實(shí)物卡片，責(zé)任不明確等，導(dǎo)致資產(chǎn)賬實(shí)不符及資產(chǎn)流失。

3.財(cái)務(wù)管理弱化

財(cái)務(wù)部門的工作限于記賬、算賬、報(bào)賬，與業(yè)務(wù)控制脫節(jié)，對(duì)單位重要事項(xiàng)的決策、實(shí)施過(guò)程和結(jié)果均不了解，未能對(duì)業(yè)務(wù)部門實(shí)施必要的財(cái)務(wù)控制和監(jiān)督。票據(jù)管理不到位。未建立定期或不定期抽查制度，出現(xiàn)延期上繳收入，挪用公款問(wèn)題；對(duì)使用后票據(jù)未能及時(shí)辦理交驗(yàn)、核銷，容易導(dǎo)致收入不入賬、私設(shè)“小金庫(kù)”等問(wèn)題。

4.崗位設(shè)置不夠合理

由于多種原因，一些單位崗位安排不盡合理，存在一人多崗、不相容崗位兼職現(xiàn)象。記賬人員、保管人員、經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)決策人員及經(jīng)辦人員沒(méi)有很好的分離制約，存在出納兼復(fù)核、采購(gòu)兼保管等現(xiàn)象，出現(xiàn)管理漏洞。

5.預(yù)算控制比較薄弱

首先是預(yù)算編制比較粗糙，部門預(yù)算的編制一般根據(jù)當(dāng)年財(cái)政狀況、上年收支、預(yù)算單位自身的特點(diǎn)和業(yè)務(wù)進(jìn)行核定，沒(méi)有細(xì)化到具體項(xiàng)目，預(yù)算支出達(dá)不到逐筆進(jìn)行核定的要求。其次是預(yù)算剛性不夠，預(yù)算的計(jì)劃性、科學(xué)性不強(qiáng)，預(yù)算調(diào)整追加較為頻繁，資金使用缺乏預(yù)見性，削弱了預(yù)算的約束控制力。