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國家稅務總局于2017年3月28日發布《特別納稅調查調整及相互協商程序管理辦法》（國家稅務總局公告2017年第6號）（以下簡稱“辦法”），進一步完善特別納稅調整及相互協商程序管理工作，對稅務機關在對企業關聯交易等相關行為調查過程中的一些工作標準進行了明確。此法規2017年5月1日起施行，替代了《特別納稅調整實施辦法（試行）》（國稅發〔2009〕2號文）第四章、第五章、第十一章和第十二章、《國家稅務總局關于加強轉讓定價跟蹤管理有關問題的通知》（國稅函〔2009〕188號）、《國家稅務總局關于強化跨境關聯交易監控和調查的通知》（國稅函〔2009〕363號）、《國家稅務總局關于特別納稅調整監控管理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第54號）、《國家稅務總局關于企業向境外關聯方支付費用有關企業所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第16號）。
以下，正保會計網校小編為大家簡單梳理62條“辦法”當中的脈絡分布及主要內容。
1.“辦法”第4條明確特別納稅調查重點關注以下風險特征的企業
（1）關聯交易金額較大或者類型較多；
（2）存在長期虧損、微利或者跳躍性盈利；
（3）低于同行業利潤水平；
（4）利潤水平與其所承擔的功能風險不相匹配，或者分享的收益與分攤的成本不相配比；
（5）與低稅國家（地區）關聯方發生關聯交易；
（6）未按照規定進行關聯申報或者準備同期資料；
（7）從其關聯方接受的債權性投資與權益性投資的比例超過規定標準；
（8）由居民企業，或者由居民企業和中國居民控制的設立在實際稅負低于12.5%的國家（地區）的企業，并非由于合理的經營需要而對利潤不作分配或者減少分配；
（9）實施其他不具有合理商業目的的稅收籌劃或者安排。
2.“辦法”第5-14條、第37-46條 明確了特別納稅調整調查過程中稅務機關及企業雙方應備齊的資料，以及稅務機關應該選擇的方式等內容。納稅人可以了解接受調查過程中的關鍵點。
3. “辦法”第15-22條 明確了稅務機關進行特別納稅調整調查可比性分析因素、轉讓定價方法，以及關聯交易與非關聯交易存在重大差異時應如何調整的問題。通過對各種指標關注點的了解，納稅人可以進行及時糾正。
4.“辦法”第23-29條明確了稅務機關進行特別納稅調整調查的對象選取原則及方式方法，包括是否符合獨立交易原則；業務模式的差異；企業為境外關聯方從事來料加工或者進料加工等單一生產業務，或者從事分銷、合約研發業務原則上應當保持合理的利潤水平；以及隱匿交易、抵消交易的調整辦法等。
5.“辦法”第30-33條 明確了稅務機關進行特別納稅調整調查關于無形資產和特許權使用的條款，及實施納稅調整的標準。同時明確了企業境外融資上市不符合獨立交易原則須進行納稅調整的相關因素。
6.“辦法”第34-36條 明確關聯方勞務交易是否符合獨立交易原則的相關條款，企業向其關聯方支付非受益性勞務的價款，稅務機關可實施特別納稅調整。
7. “辦法”第37-46條明確了稅務機關進行特別納稅調整調查時的調整程序、行政復議、補繳稅款和利息，以及變更注銷等問題。
8.“辦法”第47-61條 明確了企業進行相互協商程序的各種細節問題。確定施行前已受理但尚未達成一致的相互協商案件，適用本辦法的規定。
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